نبرد ناروتو برای اثبات بی گناهی خویش ، ناروتو برای جرمی که مرتکب نشده مجرم شناخته می‌شود و برای اصلاح به زندان فرستاده می‌شود و…

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله می‌کنند و…

نینجاها در سرتاسر تمام کشورها ناپدید میشوند و همه ملت آتش رو مقصر میدانند. به دستور سوناده، کاکاشی قربانی میشود تا جلوی جنگی همه جانبه گرفته شود....

روح قدرتمندی که زمانی جهان را تهدید به نابودی می کرد، بازگشته است! ماموریت ناروتو محافظت از یک کشیش به نام شیون است که تنها کسی است که می تواند هیولا را مهر و موم کند.